南宫28识别肿瘤内微生物的生物讯息学器械—MEGA
时间:2024-05-26浏览次数:
 为了熬炼这个模子,应用了两个自编码器来天生每个节点的辘集向量,每个向量都是256维,这些向量行为深度练习模子的输入值,用于练习样本和物种之间的相干。  量化预测的癌症类型标签与的确标签之间的区别。当评估目标联贯5个epoch没有改良时,练习率会低落0.5倍。最毕生成attention score值行为紧急的熬炼结果。这个分数体现源节点对对象节点的紧急性  较高的代外性,然后通过打算具有较高分数

  为了熬炼这个模子,应用了两个自编码器来天生每个节点的辘集向量,每个向量都是256维,这些向量行为深度练习模子的输入值,用于练习样本和物种之间的相干。

  量化预测的癌症类型标签与的确标签之间的区别。当评估目标联贯5个epoch没有改良时,练习率会低落0.5倍。最毕生成attention score值行为紧急的熬炼结果。这个分数体现源节点对对象节点的紧急性

  较高的代外性,然后通过打算具有较高分数的每个物种正在癌症类型中的样本数目,确定与癌症类型明显相干的物种,p值小于0.05的物种被以为与癌症类型明显相干。

  15个物种是共有的。而正在结肠腺癌、直肠腺癌和其它结直肠癌中,有8种物种是独属于它们的。下图浮现了已确定的物种

  数据分解和声明才气,切磋职员重心切磋完结肠腺癌和甲状腺癌的案例。分解觉察,有8种

  Bacteroides ovatus这3个物种与之前的验证据验结果类似,这注脚MEGA仅通过整合代谢和体例发育相干就获胜辨别出了这些物种。

  具有较强的代外性,而正在小鼠模子的切磋中,它通过调动黏膜微生物群和结肠转录组激动完结直肠癌的发扬。

  与结肠腺癌的相干性较弱,其品貌与结直肠癌肿瘤数目和疾病评分呈明显负相干。然而,这两种菌Fusobacterium nucleatum

  (椭圆形拟杆菌)正在以往的切磋被阐明是结肠癌中的代外物种之一,但正在MEGA的分解中,它与结肠腺癌的闭系较弱,很有能够被漏掉,但通过分解Bacteroides fragilis的体例发育,照旧被识别出了。

  12种分歧癌症类型相干的微生物特质,并将相干性的强弱通过attention scores举办了量化,通过收集图直观浮现,从而能够更周到、更过细地融会互相相干。别的,切磋职员以为将MEGA利用于单细胞RNA-seq数据,能够更详明

  地明晰微生物群落与肿瘤细胞正在细胞秤谌上的互相影响,从而为基于肿瘤内微生物众样性的肿瘤异质性外征供给新的视角南宫28,也能够为癌症的调整过问供给新的靶点。参考文献:

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